Может бублик изношенный? Мотор дергает (не развивает мощность, троит) или просто мотор в норме а машина не едет? И там ТУ5 вариантов много, тем более машина 5 года, на ней коробки стояли старой модификации или уже новой (скажет только спец по пежо). А то вы ставите контрактную коробку (с машины неизвестного года) на старый мотор, а там еще стоит старые мозги на коробку а коробка то уже работает с новой частотой соленоидов. Может требуется к контрактной коробке ставить ту модификацию мозгов которая там стояла на машине доноре. И там у некоторых коробок есть датчики и провода а у некоторых нет. Короче пока непонятна причина потери мощности. На нейтралке двигатель прогазовывается нормально? Обороты на 3-4-5 тыс он выдает?
Поставьте еще для проверки другую рабочую катушку зажигания, может она неисправна.